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二代测前言数据品质评价绵软件FastQC的装置及运

  当我们拿到二代测前言数据后,第壹件事壹定坚硬是要检查壹下测前言品质的差错了,以评价该测前言数据能否满却以终止后续的生信剖析。

  此雕刻边伸见壹款日用的二代测前言数据品质评价绵软件,FastQC。该绵软件运用Java编写,却以快快多线程地对测前言数据终止品质评价。并最一齐生成壹份评价报告,包罗多项情节,如测前言reads碱基品质、GC含量、reads长度、k-mer散布匹等信息,以便我们快快得知测前言数据品质。

  注:当前在较新的FastQC版本中,添加以了对叁代PacBio、叁代Nanopore测前言数据的品质评价干用,使得FastQC不又但限于对二代测前言数据的评价。但在本篇条演示其在二代测前言中的质控评价经过(鉴于我也没拥有尝试度过运用它评价叁代数据,不知效实何以)。

  FastQC官方网站:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

  本文中的测试数据以及结实示例等的佰度盘链接如次,均无提码(若违反灵请不才方剩言)。

  测试fastq数据:https://pan.baidu.com/s/1yYQNxty5hBdcpoA8xkrQUg

  FastQC结实文件示例:https://pan.baidu.com/s/1Z9vqsCaDeXWrz9pN8WeSjQ

  在Linux体系下,我们却以既然却以经度过conda直接装置,也却以在官网中下载却实行以次直接运用,二者选壹即却,邑挺便宜的。

  壹,却直接运用conda装置。

  二,在官网中找到下载链接下载。下载后给“fastqc”主以次添加以却实行权限即却运用,无需编译。

  1.png

  我们比值先看壹下FastQC以次的各项参数。

  2.png

  就中,在二代测前言数据评价中的日用参数选项说皓:

  -o,结实输入道路;

  --extract,默许情景下,会将所拥有结实文件打包后生成壹个紧收缩文件,该参数存放在时将松紧收缩;

  -t,以次运转时的线程数;

  -c,指定壹个文件,该文件情节为“name[tab]sequence”样式,记载能的垢染前言列, FastQC会根据该文件中的前言列信息评价测前言数据的垢染程度,不指限期不评价;

  -a,指定壹个文件,该文件情节为“name[tab]sequence”样式,记载测前言接头前言列,FastQC会根据该文件中的前言列信息评价测前言接头前言列的残剩情景,不指限期将己触动识佩畅通用接头前言列;

  -k,指定k-mer统计时的k-mer长度,取值范畴2-10,默许7;

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